小儿肠套叠一经确诊，应尽快进行治疗。对于发病时间短，无肠管坏死的病例应首选超声或X线监测下空气灌肠或水灌肠，将套进去的肠管复位退回原位。如果孩子一般情况差，套叠时间大于24小时，并出现严重的中毒症状可能在灌肠过程中出现消化道穿孔的情况，应该及时的行手术治疗。灌肠复位失败及灌肠过程中出现肠穿孔的孩子也应该急诊手术治疗。