1、外周血常规检查：常规检查外周血细胞、红细胞沉降率、C-反应蛋白等非特异性炎症标志，白细胞计数增高，伴中性粒细胞计数增高，常提示细菌感染，嗜酸性粒细胞增高，提示寄生虫感染。
2、细菌培养：可分离患者的血尿粪便、胆汁、痰液以及脑脊液等，最常用的方法是血、大便和尿的耶氏菌培养，用低温预先处理标本，可提高细菌培养阳性率。
3、免疫学检测：目前报道细菌培养阳性率不超过20%~25%，通过协同凝集反应，自患者的唾液、尿液和粪便中可检出耶氏菌抗原具有重要意义。
4、分子生物学检测：分子生物学检测根据细菌不同的毒力基因设计引物进行细菌鉴定。
5、内镜检查：乙状结肠镜和结肠镜检查，50%的病例结肠黏膜正常。在某些病例，黏膜呈现广泛肿胀、红肿和脆弱。在典型病例可见类似与克罗恩病的口疮样小溃疡。
6、血清学检查：恢复期血清凝集试验急性效价呈现4倍以上增长或者滴1:160以上具有诊断意义，血清抗耶尔森菌外模蛋白免疫球蛋白A以及免疫球蛋白G检测具有更强的特异性。