阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征与上气道结构的解剖学狭窄直接相关，包括扁桃体肥大、过敏性鼻炎、上呼吸道包括鼻咽部的解剖学狭窄，如软腭松弛下垂、悬雍垂过粗过长、上颌畸形、颞颌关节功能障碍。阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征是最常见的一类睡眠呼吸暂停综合征，具有家族的聚集性和遗传性，与上气道的解剖学狭窄直接相关。上气道狭窄的疾病，包括变异性鼻炎、鼻息肉、扁桃体腺体肥大、舌根后坠、颞颌关节畸形、上颌后缩、小颌畸形等。一些内分泌疾病，如肢端肥大症、甲状腺功能减低也可以合并有阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征。呼吸中枢反应性减低，神经内分泌和体液的影响也会诱发睡眠呼吸暂停低通气综合征。