1、体格检查：医生通过视诊观察患者一般状态，有无消瘦、营养不良，腹部有无彭隆或包块，触诊腹部有无肌紧张，有无疼痛。听诊肠鸣音有无亢进。叩诊腹部有无移动性浊音。
2、血常规检查：利于明确患者是否有出血表现，有无贫血情况，如患者并发出血，则可能血常规有血红蛋白降低情况。
3、便潜血：如患者有消化道出血情况，进行便潜血检查提示结果为阳性。
4、内镜检查：内镜检查是明确诊断的主要方式，通过小肠镜可见肠壁有溃疡，单个或多个，取部分组织进行病理检查。
5、影像学检查：适于有腹部疼痛者，首选X线检查，初步筛查有无肠穿孔，肠穿孔时可见小肠袢扩张和液气平面。一般状态较好者可行小肠气钡双重造影检查，有助于明确溃疡的位置、大小、形状。
6、病理组织活检：该检查是诊断原发性小肠溃疡的主要方法，可以在内镜检查下从病变处取少部分组织，并送往实验室进行分析。