小细胞低色素性贫血需要与地中海贫血、巨幼细胞贫血等疾病鉴别。
1、地中海贫血：地中海贫血是一种比较严重的贫血疾病，是一组遗传性溶血贫血疾病；而小细胞低色素性贫血，在缺铁性贫血的早期多为正常细胞性贫血，表现为轻度贫血。可血常规检查予以鉴别。
2、巨幼细胞贫血：小细胞低色素性贫血属于缺铁性贫血，补充铁剂就可以了；然而巨幼细胞贫血是缺乏维生素B12或叶酸所致，需要补充维生素B12和叶酸。一般通过铁代谢检查可区分。