十二指肠乳头癌在临床上是比较少见的一种疾病，它相对于胰头癌、胆总管下段癌、壶腹周围癌的预后相对要好。所以对十二肠癌的临床诊断来讲，最主要是靠CT和临床的表现。它主要表现的症状不同于胰腺癌、胆总管下段癌和壶腹周围癌。
最主要的一个区别就在于它的黄疸是一种波动性的黄疸。胆总管下端胰头癌、壶腹周围癌的黄疸是渐进性的升高，但是十二肠乳头癌的黄疸是属于波动性的增高。有时候黄疸会下来，有时候黄疸会上升。
所以这是十二指肠乳头癌鉴别于胰头癌、胆总管下段癌和壶腹周围癌的一个最主要的鉴别的诊断要点。同时十二肠乳头癌可以通过十二肠乳头镜，来进一步明确诊断和活检。