胆总管结石的最佳治疗方法，最主要的还是根据病人的病情，结合病人的实际情况，来选择一种对病人最有益的，解决问题的治疗方法。首先，病人在没有任何手术禁忌症的情况下，当然是首选手术。随着科学技术的发展，内镜技术的发展，内镜手术和腹腔镜手术都能够解除病变，甚至彻底解除结石的梗阻症状，并尽量的减少创伤。
腹腔镜的胆总管探查术是首选的治疗方案。如果病人病情很重，甚至出现休克症状，没有条件实行长时间的手术或者全麻的手术，也可以选择内镜下治疗，先解决胆道梗阻问题，或者先解决胆总管结石的问题，至于以后其他的问题，等病人身体恢复允许手术以后再做进一步治疗。