化脓性扁桃体炎通常是因为细菌感染导致的现象，也就是急性化脓性炎症，需要使用抗生素，比如阿莫西林治疗，并有效预防复发。如果要根治，牵扯到复发的问题。
如果扁桃体炎反复复发，在病程一年当中反复发七次或以上，病程两年当中每年扁桃体炎反复复发达到五次或以上，病程如果有三年，每年急性扁桃体炎反复复发达到三次或以上，就可以考虑手术切除扁桃体，从而彻底治愈扁桃体反复复发的问题，也可以达到根治的目的。