由于急性中毒性脑炎大多数为细菌或者病毒感染，因此需要根据感染病菌种类进行对因治疗和个体化治疗，遵循早诊断、早治疗的治疗原则，防止并发症。
一、一般治疗
1、吸氧：给予氧气吸入可改善脑缺氧，有利于减轻脑水肿，有利于预防和控制惊厥，也有利于促进脑细胞代谢、保护脑组织及防治中枢性高热。
2、降温：当体温超过38.5℃时应采用物理降温措施，如采用冰袋、冰帽、降温毯降温，还可采用人工冬眠疗法。 
二、药物治疗
1、肾上腺皮质激素：如氢化可的松、地塞米松等，均有快速消炎与消水肿的作用，注意其使用时间不超过1周。
2、抗惊厥药：如肌注苯巴比妥、地西泮、副醛或苯妥英钠等，尤其是癫痫持续状态时必须及时控制发作。病情稳定后此类药物应逐渐减量，以免引起不良反应。
3、抗病毒药：可以起到杀菌的作用，无环鸟苷抗病毒治疗效果较好。
4、脱水药：用于颅压增高病例，以防止脑疝。同时还可加用快速利尿药以增强脱水剂作用，但已有脱水症状的病人忌用。
5、促代谢药物：如维生素C、维生素E、叶酸等，可促进体内毒性物质的代谢，增强脏器的功能。
6、促进脑代谢药物：如乙酰谷酰胺等，可激活脑细胞，促进昏迷的患者苏醒。
三、手术治疗
本病暂无手术治疗。
四、其他治疗
1、保持水、电解质平衡，防治吸入性肺炎，纠正心功能不全等。
2、急性期后如遗留后遗症，应积极予以康复治疗等。