扁桃体角化症是扁桃体淋巴组织的异常角化，经常见于15-40岁左右的青壮年，男女差别不大，扁桃体角化症的病因有以下几种：
第一、真菌感染，经过细菌学检查经常可以发现真菌寄生感染所致的咽真菌病，引起扁桃体角化。
第二、扁桃体局部的慢性炎症、感染或者机械性的刺激，导致扁桃体上皮的高度增生、表层角化，口腔细菌繁殖、腐败菌繁殖易发生此病，多发于患龋齿病和口腔卫生不良的人，经常有反复的咽部感染和应用抗生素的历史，所以慢性炎症和刺激会导致扁桃体隐窝口引流不畅。
第三、全身疾病引起的上皮组织营养不良，上皮组织营养不良以后上皮表层角化，发生扁桃体表面白色的角化物。