治疗肛瘘的费用跟手术方式以及住院时间长短有一定的关系，肛瘘按瘘管位置的高低分为低位肛瘘和高位肛瘘。低位肛瘘，一般行瘘管切开术或者瘘管切除术，住院时间大约7-10天，所以在普通三级医院其住院费用大约是8000-10000块钱左右。高位肛瘘手术为了防止术后肛门失禁，需要行挂线术，所以住院时间相对偏久，大约需要14-20天的时间，其住院费用大约需要13000-14000块钱左右。还有用生物制剂填塞瘘管的治疗方法，由于生物制剂都比较贵，而且是自费的，所以其住院费用大约需要20000块钱左右，但是目前在临床上，由于使用生物制剂其复发率偏高，可以达到50-60%以上，所以很少采用。