桥本甲状腺炎是自身免疫性甲状腺炎里面最常见的一种，是免疫系统出现错误，把甲状腺自身成分、甲状腺球蛋白，或者甲状腺微粒体认为是敌人产生自身防御。自身防御的免疫反应可以造成甲状腺损伤，甲状腺损伤到一定程度，甲状腺激素合成、分泌减少会出现甲状腺功能减退。桥本甲状腺炎不一定会出现甲状腺功能减退，但是出现甲状腺功能减退的机会明显增多，到底多长时间出现甲状腺功能减退，有非常大的个体差异。甲状腺功能减退本身的症状往往没有特异性，有的人一出现诊断桥本甲状腺炎即是甲状腺功能减退。另外有些人患了甲状腺功能减退不知道原因，回过头才发现是桥本甲状腺炎。
另外发现有些人抗体增高、甲状腺弥漫性病变诊断为桥本甲状腺炎，长期观察也不出现甲状腺功能减退，也有极个别的情况，所谓淋巴细胞消散，出现桥本甲状腺炎引起的甲状腺功能减退，完全可以恢复。如果诊断桥本甲状腺炎以后，并不一定会出现甲状腺功能减退，多长时间出现甲状腺功能减退有非常大的个体差异。出现桥本甲状腺炎以后不需要特别治疗，如果出现甲状腺功能异常，包括甲状腺功能减退，需要进行相应的治疗。