骨髓三系减少伴便血，可能是再生障碍性贫血、阵发性睡眠性血红蛋白尿症、骨髓增生异常综合征、低增生性白血病等疾病。它们的区别在于再生障碍性贫血，三系少、非造血细胞增多、造血细胞减少、巨核细胞减少。
阵发性睡眠性血红蛋白尿症，除了有再障的表现外，有PNH克隆出现。骨髓增生异常综合征，除了有三系减少还可以出现病态造血，病态造血的数量要>15%。低增生性白血病，原始和幼稚细胞数量要>30%才能诊断。