目前脂肪母细胞瘤主要的治疗方式是手术切除，多主张完整切除瘤体，并避免损伤周围组织及其功能。
一、一般治疗
1、随诊观察：对于没有临床症状的患儿，不建议早期手术治疗，可随诊观察至3~5岁以后，B超定期复查，根据肿物变化决定手术时机。
2、合并症的治疗：若出现偏瘫、入睡憋气，当务之急应是解除肿瘤的压迫，避免病情进一步加重。
二、药物治疗
本病暂无有效口服药物治疗。
三、手术治疗
1、完整切除术：脂肪母细胞瘤尚可在不损伤周围组织的前提下，完整切除。
2、部分切除术：当脂肪瘤母细胞瘤侵入周围组织，甚至达较远处，引起其他部位的肿物，追求完整切除对周围组织损伤较大。此时需要谨慎权衡，可考虑部分切除。