甲硝唑用于滴虫病和阿米巴病。具有广普的抗厌氧菌的作用，为了提高药效，甲硝唑经常与其他药物一起配伍使用。根据疾病的不同，配伍的药品和疗效也不同。比如：庆大霉素注射液和甲硝唑具有协同抗菌的作用，二者要联合使用可提高疗效；甲硝唑与青霉素钠配伍应用，可减少病人液体输入量，减轻病人心脏负荷，使疗效大大提高。甲硝唑分片剂和注射液，甲硝唑片和左氧氟沙星胶囊配合使用，治疗滴虫性阴道炎效果显著。