甲减对大便的影响最常见的表现形式就是便秘，医学名词的便秘就是老百姓通常所说的大便干燥、排便困难。
甲状腺功能减低会导致胃肠道蠕动减慢，胃肠道蠕动减慢就会造成大便在肠道中运行时间延长，而肠道可以吸收粪便中的水分，由于大便在肠道中停留时间比较长，大便中的水分被肠黏膜过度吸收，因此大便就会比较干结、比较硬，在通过肛门口的时候就比较难塑形，从而出现排便困难的症状，这就叫便秘。
另外，甲减的患者也可能会出现排稀烂便，排稀烂便同时还可能含有食物残渣，这是由于甲状腺功能减低的情况下，胃肠道消化吸收功能变差了，因此会出现部分没有消化的食物，由于胃肠道的吸收功能不良从而表现为排稀烂便，并且含有没有消化的食物。