蛋白尿的分类通常分为肾小球性蛋白尿、肾小管性蛋白尿、溢出性蛋白尿，以及组织性蛋白尿这几类。要想判断病人蛋白尿的分类，可以给病人做尿蛋白的分类检查，尿蛋白分类检查可以把尿蛋白的大、中、小分子分出来。最常见的是肾小球性蛋白尿，肾小球性蛋白尿的特征是以白蛋白或者转铁蛋白为主，这是因为肾小球的滤过屏障出现了问题，这两种蛋白才会从血中到达尿中。另外，如果病人的肾小球滤过膜问题比较大，尿中也会出现免疫球蛋白IgG。
肾小管性的蛋白尿主要是见于尿中有α1-微球蛋白，或者β2-微球蛋白。对于其他的组织性、溢出性蛋白尿也有各自的特征，组织性蛋白尿主要和肾脏的损伤有一定关系。溢出性蛋白尿主要是尿中出现轻链这种情况，考虑到是溢出性蛋白尿的可能性。