肛周脓肿手术后一般不会复发，少数术后肛周脓肿复发的患者，是因为手术对脓腔探查不彻底，或者没有行一次性根治术，而是单纯行脓肿切开引流，导致局部引流不通畅，术后发展成为肛瘘，而导致复发。
肛周脓肿目前在临床上，一般是行一次性根治术，手术的过程中切开脓腔时，将内口切开，可以防止术后发展为肛瘘。肛周脓肿在手术后出现复发，多数需要再次行手术治疗，才能完全治愈。手术时需要探查明确肛周脓肿的感染原，就是肛周脓肿的内口，将内口切开才可以完全治愈。