溃结可以吃益生菌，不仅可以吃，而且益生菌也是治疗溃结的常用药物。一般溃结在急性发作期时使用益生菌可以起到辅助治疗作用，溃结经治疗后处于缓解期时，也可以长时间的口服益生菌改善肠道菌群，防止其再次出现复发，但益生菌在溃结急性发作时并非起决定的治疗作用。
在临床上口服的药物包括柳氮磺吡啶以及氨基水杨酸类药物，通过以上两种药物无法控制溃结症状时，需要考虑使用激素类的药物。而当通过一些用药保守治疗溃结仍然症状严重、反复发作，甚至造成结肠功能丧失的情况，需要考虑手术治疗。