三叉神经痛分为原发性三叉神经痛和继发性三叉神经痛，具体如下：
1、原发性三叉神经痛：通常所说的三叉神经痛指的是原发性三叉神经痛，表现为三叉神经分布区域内短暂的反复发作性剧痛，病因目前尚不完全明确。有一种学说认为原发性三叉神经痛的病变部位是在半月神经节到脑桥之间的部分，有可能是多种原因引起的压迫所致，比如异常的血管袢。也有学说认为三叉神经痛是一种感觉性的癫痫样发作，脑内出现异常放电，而这种放电的部位是位于三叉神经的脊束核或者脑干，所以抗癫痫的药物大多数能够对三叉神经痛的止痛有效果。而一些血管松解术，移除压迫三叉神经的血管也能帮助缓解三叉神经痛。具体的发病机制目前仍然在探讨之中，多数人认为是各种原因引起，三叉神经局部脱髓鞘产生了异位的电冲动，相邻的左纤维为突触形成或者产生了短路。使轻微的痛觉刺激通过短路传入了中枢神经系统，而中枢传出的冲动已通过短路传入，如此反复的叠加造成了三叉神经痛的发作。
2、继发性三叉神经痛：是各种其他原因所引起，比如多发性硬化、延髓空洞症、原发性的颅底肿瘤，或者转移性的颅底肿瘤等。