食管克罗恩病比较少见，多伴有肠道克罗恩病，其病因迄今未明。目前认为感染、免疫因素是本病的主要病因，其他如精神因素、食物过敏、家族遗传因素等，也可诱发或加重本病。
1、感染：目前研究认为食管克罗恩病的发生与感染有关，但至今仍未发现该病的特异病原体。
2、免疫因素：目前已经十分明确食管克罗恩病有免疫异常。临床研究显示本病的主要病理改变与迟发型变态反应的病变相似；在组织培养中，患者的淋巴细胞对正常结肠上皮细胞有细胞毒作用；患者血清中有抗结肠上皮细胞抗体或病变组织中存在抗原抗体复合物；常并发肠外表现如关节炎；激素治疗能使病情缓解。最近还发现克罗恩病患者血清中存在啤酒酵母菌抗体，出现率为63%左右，认为该抗体可能为克罗恩病的特异性抗体。这些说明克罗恩病与免疫反应有关。
3、遗传因素：大量的临床资料显示，克罗恩病患者的亲属发病率高于普通人群，阳性家族史高达35.2%；单卵双生子共患率高于双卵双生子；白人的发病率高于黑人、拉丁美洲人及亚洲人。提示本病的发病有明显的种族差异和家族聚集性，存在着遗传易感性。
4、环境因素：吸烟与本病的恶化有关，可能是通过血栓形成及血管炎等作用增加食管克罗恩病的危险性，有研究戒烟１年以上可使食管克罗恩病患者病情明显改善。
5、其他：除上述因素外，还有许多其他细胞因子、化学因子、生长因子和花生四稀酸代谢产物(前列腺素和白三稀)、反应性氧代谢产物如一氧化氮以及黏附分子等因素参与食管克罗恩病的发生和发展。这些介质可增强炎症过程和组织破坏，介导炎性细胞进入病变组织，使炎症持续存在。此外早期断奶、儿童肠道感染和抗生素使用、西化的饮食习惯对本病的作用也有相关报道。