胃肠功能紊乱主要通过改善生活方式，以及药物两方面进行治疗。改善生活方式主要是饮食不能吃辛辣刺激食物，以及适量运动、早睡早起、心平气和、不焦虑。
药物治疗主要有针对症状的，如腹痛、腹泻、便秘等调节的药物，临床上常用的有舒丽启能、得舒特等药物，这类药物可以使胃肠功能紊乱症状得到有效缓解，还可以辅助用双歧杆菌等药物，调理肠道的菌群。胃肠功能紊乱的病人中，一定要提前做肠镜或者小肠镜的检查，以排除大肠或小肠的器质性病变，以免耽误了病情。