唇腭裂患者主要是胎儿在发育过程中，特别是胎儿发育成形的前12周，若受到某种因素影响而使各胚突的正常发育及融合受到阻扰时就可能会出现各种相应发畸形。目前原因及发病机制未完全明了，主要可能的因素：1.遗传因素，与遗传有一定的关系。2.营养因素，怀孕期间维生素缺乏。3.感染和损伤，子宫的损伤，病毒感染等等。4.内分泌的影响，肾上腺素分泌增加。5.药物因素，有些药物如环磷酰胺，甲氨蝶呤，苯妥英钠，抗组胺药物，美克洛嗪，沙利度胺等等可能导致胎儿畸形。6.物理因素，接触放射线，微波。7.烟酒因素，妊娠早期大量吸烟或被动吸烟，酗酒也有可能导致畸形。