泮托拉唑临床主要用于十二指肠溃疡、胃溃疡、中重度反流性食管炎，也可与克拉霉素、阿莫西林或甲硝唑等抗生素合用，用于根除幽门螺杆菌的感染。但注意泮托拉唑不用于治疗病变比较轻微的胃肠道疾患，如神经性消化不良等，其最常见的副作用是腹泻和头痛。
泮托拉唑属于质子泵抑制剂，能够有效抑制基础夜间胃酸的分泌。与其他的质子泵抑制剂和H2受体拮抗剂一样，泮托拉唑可降低胃酸的分泌、刺激胃泌素水平相应升高，这种效果是可逆，而且其抑酸效应呈剂量相关。