儿童遗粪症是一种慢性行为问题，主要通过心理行为治疗纠正异常的排便习惯，结合对症治疗如通便、抗抑郁治疗等，经积极治疗后可明显减轻症状，但极少数患儿成年后仍有遗粪现象。
一、药物治疗
1、导泻药：适用于确定伴有便秘的患儿，如蓖麻油、大黄、番泻叶、硫酸镁、开塞露等。而且大便失禁伴便秘的患儿有必要长期使用这类药物，数月至数年不等。
2、抗焦虑、抑郁药：适用于伴有情绪焦虑、抑郁者，如氯丙咪嗪、氟西汀，但应在医生指导下用药。
二、手术治疗
本病以药物和心理治疗为主，无需手术治疗。
三、心理治疗
1、应详细查找病因，有针对性的治疗，治疗需家庭、学校、社会、医生互相配合，并根据不同病因，有针对性的予以纠正和指导，进行心理治疗和良好习惯的训练，大多数患儿通过行为干预，症状可得到改善，部分年龄较小的患儿拒绝排便训练和药物治疗时，可给予有效的社会心理干预，制定排便日记，但需要掌握严格的训练日记，小学生需注意减轻学习负担，促进学生之间和睦相处，避免被歧视、受欺负，帮助其正确面对现实，处理好家庭、学校、学校及环境等各方面的关系。
2、父母对患儿给予理解、支持和帮助，不予或少指责患儿，使其生活质量满意度相对提高，临床医师在积极治疗遗粪症的同时，针对患儿的心理状态，予以科学的解释和支持，着重解除患儿紧张、焦虑和抑郁等不良情绪，帮助其消退羞耻感，并告知家长遗粪症对患儿心理的影响，若不顾及患儿自尊心，采用斥责、威胁和惩罚的手段，会使其更加的委屈和忧郁，加重心理创伤，对待患儿只能多安慰，多鼓励，这一点甚为重要。