溃疡性结肠炎灌肠可以用黄芪、黄柏、黄连、黄芩、小蓟、川芎、百草，灌入之后保持10分钟，总时间建议40-60分钟，这是中药灌肠。
中药灌肠效果比其他用药方式要好，能使药物直达病灶，提高肠内局部血药的浓度，同时由于大肠的吸收能力很强，药物经灌肠后可混合于直肠腺体的分泌液中，透过黏膜后经直肠上、中、下静脉和直淋巴系统而被吸收，可以使药物利用度得到充分发挥，所以是治疗溃疡性结肠炎不错的方法。另外，治疗溃疡性结肠炎的西药灌肠，可以加入甲硝唑或者奥硝唑。