小儿情感交叉擦腿综合征的原因及发生机制目前尚缺乏明确认识。有研究认为小儿情感交叉擦腿综合征是儿童性本能的一种行为反应，是对自己身体探索的结果；有国外学者在对小儿情感交叉擦腿综合征诱发因素的研究中提出36.1％的儿童开始此行为是对泌尿生殖系统疾病的一种本能反应，认为小儿情感交叉擦腿综合征是外阴局部受刺激，如炎症引起，自慰行为又加重炎症，互为因果反复发作以致成为行为习惯；也有观点认为小儿情感交叉擦腿综合征儿童存在性激素水平紊乱，但没有获得普遍认同。
1、环境因素：长期处于孤独、单调的生活环境。
2、泌尿生殖系统疾病：由于炎症等刺激引起会阴部瘙痒感而产生摩擦，摩擦使外生殖器官敏感部位受到刺激引起性本能活动，患儿从中体验到一种快感，使之重复发生，从而形成夹腿习惯。