小儿面部偏侧肥大综合征具有自愈性，大多病例至发育期后可停止发展，尚无有效治疗方法，可进行药物控制，患者自然生长结束后可进行下颌角整形、咬肌整形等面部矫正术。
一、药物治疗
本病无一般针对性药物治疗。
二、手术治疗
1、面部矫正术：在患者自然生长结束后可进行下颌角整形、咬肌整形、颊脂肪垫整形、下巴整形、颧骨整形等面部矫正手术。
2、正颌外科手术：也就是重建面部结构，包括切除多余的肌肉及皮下组织，同时保留神经肌肉功能。此手术适用于面部严重畸形、影响美观的患者。
三、心理治疗
因面部异常发育可能导致患者心理出现自卑、抑郁等负面情绪，需在心理医生帮助下积极面对疾病，树立战胜疾病的信心。