男性尿道刺痛需要根据具体伴随症状明确诊断，往往伴随症状包括是否具有尿道分泌物，是否有下腹部、会阴部疼痛症状，还有是否有排尿症状等。根据这些症状初步推断前列腺炎，或者尿道炎的可能，这两个疾病可以相互影响，前列腺炎可以导致尿道炎，而尿道炎也可以导致前列腺炎。
这两种疾病的主要治疗都是依赖抗生素的治疗，在抗生素的选择上选择喹诺酮类抗生素。左氧氟沙星应用2-4周，或应用阿奇霉素、多西环素等抗生素，并根据是否伴有其他伴随症状，决定是否加用其他治疗药物，比如非甾体消炎镇痛药、α受体阻滞剂、M受体阻滞剂，还有植物类制剂、中药制剂等。如果是前列腺炎，还可以考虑前列腺按摩等手段进行治疗。