如果患者出现低热、咳嗽、咳痰等症状，胸片提示肺组织受累，且痰培养出新型隐球菌应积极治疗。对于免疫功能正常的患者，可以服用氟康唑、伊曲康唑等抗菌药物治疗，对于症状较重，伴有中枢神经系统感染的患者，建议使用两性霉素B进行治疗。
需要注意做到足够的疗程以及足够的剂量，另外治疗隐球菌病时，应该动态行影像学检查观察评估，进行相应的筛查，以更好地控制患者的肺内病变，同时应该完善相应的影像学检查，对抗感染治疗进行疗效的评估和判断，动态随访观察。