自身免疫性脑炎的总体预后相对良好，80%左右的抗NMDA受体脑炎患者功能恢复良好。早期接受免疫治疗和非重症的患者预后较好，重症的抗NMDA受体脑炎，平均的重症监护治疗周期为1-2个月，病死率大约在2%-9%左右。少数患者完全康复需要两年以上，相关脑炎患者的病死率为6%左右。抗GABA-B受体脑炎合并肺癌患者预后相对较差，部分自身免疫性脑炎患者恢可出现症状的复发。自身免疫性脑炎的治疗一般需要给予糖皮质激素、丙种球蛋白或者血浆置换，以及利妥昔单抗、静脉注射环磷酰胺、口服吗替麦考酚酯和硫唑嘌呤等，还包括对原发肿瘤的治疗。