晨起咳嗽最主要的原因主要是：上呼吸道的疾病，感冒鼻窦或者是鼻炎，扁桃体炎，急慢性咽炎和喉炎，急性会厌炎导致。其中根据咳嗽持续的时间将咳嗽分为两类。急性咳嗽是发病少于三周，慢性咳嗽是持续三周以上。其中急性咳嗽也可持续转为慢性。晨起长期慢性咳嗽，建议行胸部X线片，肺功能通气包括容量弥散检查，激发实验，IgE定量测定，监测日夜峰值流速，耳鼻喉科和咽喉镜检查，x线鼻窦像或CT进行确诊。