代谢综合征的临床表现是多样的，是多种疾病在不同个体的不同组合。
1、肥胖症：代谢综合征患者的肥胖以上半身肥胖为主，男性脂肪分布以颈项部、躯干部和头部为主，而女性则以胸部、下腹部及臀部为主。轻度肥胖者常无症状，重度肥胖者可有下列临床表现：
（1）肥胖通气不足综合征：患者活动后呼吸困难，严重者可导致缺氧、发绀和高碳酸血症。
（2）心血管系统综合征：引起高血压、左心室肥厚、心肌劳损甚至充血性心衰竭。此外，由于静脉循环障碍，易发生下肢静脉曲张、栓塞性肺炎和静脉血栓形成。
（3）内分泌代谢紊乱：女性肥胖者有时可出现多囊卵巢伴月经稀发或闭经、多毛以及男性化等症状。男性肥胖者性激素改变较明显，多有勃起功能障碍及不育的临床表现。
（4）消化系统综合征：腹胀较为常见，症状较为严重者还会出现恶心、呕吐等一系列较为严重的症状。
2、其他：患者有可能会出现相关的皮肤症状，例如皮肤上出现淡紫纹或白纹，代谢综合征患者还可以出现微量蛋白尿、血液呈现为高凝状态等症状。
3、高血压病：根据起病及病情进展的轻重缓急及病程的长短，可分为缓进型高血压和急进型高血压。一般会表现为头晕、头痛、乏力、胸闷、心悸、记忆减退等，严重时会发生神志不清、抽搐、昏迷等。
4、2型糖尿病或葡萄糖调节受损：糖调节受损包括空腹血糖受损和葡萄糖耐量异常，常出现口干、口渴、尿频、疲劳、视物模糊等临床症状。
5、血脂异常：代谢综合征患者血脂异常的发病率比普通人群高，但缺乏临床症状和体征，通常需根据实验室检测早期识别。