1、苏丹Ⅲ染色法粪脂测定：通过苏丹Ⅲ染色后在光镜下观察着色的粪便脂肪滴，如粪便中脂肪小滴>10滴/高倍视野则为阳性反应，其为定性检查方法。
2、粪脂定量检测和脂肪吸收试验：其为确诊的主要方法，为定量试验。连续进食标准试餐(含脂肪60~100g/g)，连续4~6天，同时测定后3天粪脂含量，取后3天每日平均值或计算脂肪吸收率，粪脂量>6g/24h或脂肪吸收率<95％为阳性反应。
3、内镜检查及病理活组织检查：内镜及内镜下取材活检取病理学证据是寻找病因的有效方法之一，是许多胃肠源性脂肪痢诊断的金标准。本病患者空肠黏膜上皮的绒毛及微绒毛呈明显萎缩，黏膜表面扁平。黏膜固有层显慢性炎性改变，有淋巴细胞、浆细胞，有时有嗜酸性粒细胞浸润。