对于存在明显易感因素的真菌性食管炎患者，治疗的第一步是去除诱因，或将其危险因素降到最低，而足量、长疗程使用抗真菌药物是治疗的关键，并要求进行定期复查。
一、病因治疗
尽可能去除易感因素，消除诱因也很重要，如纠正营养不良、停用或改用部分药物，以减少医源性因素、增强免疫力等，有助于增加疗效、防止感染扩散和复发。
二、药物治疗
1、抗真菌药物：抗真菌药物治疗是真菌性食管炎治疗的核心，目前临床上使用的抗真菌药物主要有氟康唑、酮康唑、制霉菌素、两性霉素B、伊曲康唑等，国内仍以霉菌素应用最广。治疗期间应密切注意药物不良反应，特别是肝功损害。
2、胃黏膜保护药物：通过黏附于食管黏膜上，形成一层保护膜，使之不利于霉菌生长，有利于改善局部微循环，促进黏膜修复。常用药物有硫糖铝、铝镁加混悬液等。艾司奥美拉唑可促进黏膜恢复，减少并发症。
三、手术治疗
手术治疗主要为真菌性食管炎并发症治疗，由于真菌性食管炎未能及时或者有效治疗，出现食管狭窄，甚至食管穿孔、消化道大出血等并发症。此类并发症可影响预后，危及生命，故需手术治疗，如食管狭窄者可试行内镜扩张治疗，内镜治疗无效或狭窄范围大者，则需行外科手术治疗。