肠系膜上动脉压迫综合征可由先天因素或后天因素引起，如解剖学因素、体型瘦长、术后肠粘连等，都是本病的病因。
一、主要病因
1、解剖学因素：由于先天解剖变异，肠系膜上动脉和腹主动脉之间的夹角过小，十二指肠位置过高。
2、瘦长体型：瘦长体型者或者迅速消瘦，则肠系膜上动脉周围的脂肪垫就会消失，使得肠系膜上动脉与腹主动脉的夹角小于15°，就会对十二指肠水平部或升部造成压迫，引起十二指肠慢性淤积。
3、术后肠粘连：术后肠粘连引起十二指肠水平部受压会导致十二指肠淤积，导致肠系膜动脉压迫综合征，需要到医院进行CTA等相关检查。
4、十二指肠炎症：十二指肠炎症导致肠系膜上动脉根部附近的淋巴结肿大，引起十二指肠扭曲、受压，形成淤滞、梗阻。
5、术后牵拉：如果患者做过食管癌、腰背畸形矫正等手术，因术后胃、十二指肠被牵拉上移，使肠系膜上动脉开口位置相对下移，或腹主动脉和肠系膜上动脉夹角变小，造成完全或不完全性肠梗阻。
二、诱发因素
1、内脏下垂牵拉肠系膜：瘦长体型及各种原因的消瘦可以削弱肠系膜对十二指肠水平部的支撑作用，内脏下垂牵拉肠系膜，使肠系膜上动脉压迫十二指肠水平部，导致十二指肠淤滞和扩张，诱发肠系膜上动脉压迫综合征。
2、肠道病毒感染：肠道病毒感染会引起急慢性肠炎、肠梗阻等，可能诱发肠系膜上动脉压迫综合征。