两药均为抗凝剂，均可以用于肺栓塞、下肢深静脉血栓形成等血栓疾病的治疗。但两药有一些不同点。肝素为静脉或皮下给药，通过抑制凝血酶的活性从而减少静脉血栓的生成，起效非常快。华法林为口服抗凝的药物，是通过抑制凝血因子2、7、9、10的合成而发挥抗凝药物，起效相对比较慢一些。肝素疗效不受食物影响，而华法林受食物影响较大，用药期间需要保持饮食结构的相对稳定。