指甲上有小坑主要考虑可能是缺钙引起，患者缺钙有可能会造成指甲不平、有横纹的现象。
建议患者可以积极补钙进行治疗缓解症状，平时也可以多吃富含维生素D和钙剂的食物。也有可能是缺乏蛋白质所引起，缺乏蛋白质有可能会导致指甲出现坑坑洞洞的症状，建议患者可以适当吃豆制品、肉类、果仁、蛋、牛奶等。
患者缺锌也有可能会引起这种情况，患者缺乏维生素有可能会使指甲变软、有分层、发白、有小坑、有竖纹等情况，可以去医院检查微量元素，然后根据检查结果对症补充就可以。