宝宝消化不良引起的原因很多，比如说像腹部受凉或者说吃的不合适，比如说吃的食物过多、过杂引起宝宝积食，或者说宝宝有乳糖不耐受、食物蛋白不耐受，当他吃到一些特殊食物时就会出现消化不良腹泻的情况。另外，还有一些肠道内或者肠道外的感染等等，也会引起宝宝这种消化不良。
在机体去除诱因的同时，还需要给予一些健脾助消化的治疗，以及用一些药物。比如说可以给孩子做腹部理疗，可以给宝宝吃一些益生菌，调节肠道菌群，改善肠道功能。还可以给孩子吃一些健脾胃的药物，比如说像胃蛋白酶散、醒脾养儿颗粒、启脾丸等等，都具有健脾助消化，促进宝宝胃肠道功能的恢复。
对于如果是乳糖不耐受引起的，还需要用无糖奶粉或者应用乳糖酶，对这种牛奶蛋白过敏的宝宝可能需要特殊的这种水解奶粉来给予。比如说严重的需要氨基酸奶粉，以及深度水解奶粉、适度水解奶粉等一些特殊的水解奶粉给予治疗。另外，一些中医的推拿、按摩，有的时候也有利于能改善宝宝消化不良的情况。