治疗脑炎的药物有很多，主要包括抗病毒、抗细菌、抗结核、抗真菌类药物，以及免疫治疗类药物和对症支持治疗类的药物。
临床上可根据脑炎的不同类型采取不同的治疗方法，如果是病毒性脑炎，就需要抗病毒治疗，药物包括阿昔洛韦、更昔洛韦。化脓性脑炎治疗就需要抗菌治疗，尽早使用抗生素。如果是结核性脑膜炎，需要抗结核治疗。如果是真菌感染导致的脑炎，可以抗真菌治疗。