小脑血栓的治疗方法有以下几种：
第一、溶栓治疗，在溶栓时间窗内有适应证而无溶栓禁忌症的患者可给予溶栓治疗，溶栓是目前最重要的恢复血流措施，重组组织型纤溶酶原激活剂和尿激酶是我国目前使用的主要溶栓药物。
第二、抗血小板聚集治疗，对于不符合溶栓适应症且无抗血小板禁忌症的患者，应在发病后尽早给予口服阿司匹林或氯吡格雷的抗血小板治疗。第三、降纤治疗，对于小脑血栓，尤其是高纤维蛋白血症者，可选用降纤治疗，常用的药物包括巴曲酶、降纤酶等。
第四、神经保护治疗，依达拉奉是一种抗氧化剂和自由基清除剂，能改善脑血栓的功能结局并保证安全。