胆管癌的发病原因，目前是多因素的，没有确定性的关键因素，包括以下几个方面：
第一、遗传因素，每个人的体质情况不一样；
第二、后天性的因素，比如胆管先天性有没有变异，最常见的有没有硬化性的胆管炎、胆管囊肿、胆管狭窄；
第三、胆道有没有炎症的感染，比如长期的肝内胆管结石引起病人发烧，这些因素都会导致肝内胆管癌的发病率增高。
同时在遗传学上，有没有基因的突变，也是造成肝内胆管癌发病增高的因素，它是综合因素。国内外都在努力的寻找引起胆管癌的最主要的原因。