肝内胆管结石的病因较多，具体有以下几个因素：

1、遗传因素：父辈、祖辈为肝内胆管结石患者，其子女发生肝内胆管结石的几率较高；

2、地域性因素：全世界范围内以东南亚地区发病率最高，中国以西南地区发病率最高。与地质、地貌、水质、饮食有一定关系；

3、外在因素：多指感染性因素，如胆管炎，胆道畸形、狭窄等因素均会导致肝内胆管结石；

4、饮食因素：胆汁代谢与饮食有关，如高脂饮食多导致胆固醇增多，与肝内胆结石的发生具有关联。