嗜酸粒细胞性胃肠炎是一种良性、自限性的疾病，大多预后良好。治疗主要有调整饮食、激素治疗及其它药物治疗，但本病可能复发，且部分未经治疗的患者容易发展为严重的营养不良和消化不良，即使是复发的患者仍然对激素治疗有效。
对于已经证实是食物过敏所致的嗜酸细胞性胃炎患者，从饮食中去除任何形式的可疑的过敏食物是重要的治疗手段。饮食控制常用于有过敏史，特别是变应原检测阳性者。其它的药物治疗主要是包括激素、酮替芬、色甘酸钠、孟鲁司特钠、硫唑嘌呤等。对药物治疗不缓解者或引起梗阻，内科治疗无效可行手术治疗。