小儿面部偏侧肥大综合征的病因不明，因此暂无有效预防措施，其预防可参见遗传病预防方法，比如避免近亲结婚、进行婚前咨询、按时孕检。胎儿出现异常状况应及时治疗以避免该病的发生。
（1）避免近亲结婚，近亲结婚其子女遗传病发病率较高。
（2）进行婚前咨询，如有遗传家族史应提早预防。
（3）按时孕检，孕妇在怀孕期间应按时进行孕检，胎儿出现异常状况应及时治疗。