激光去除扁平疣的价格并不高，每一颗扁平疣的价格在30-50元之间，依据医院等级不同收费会有轻微浮动。
对于扁平疣数目较少的人群，可以选择使用激光治疗。但是如果扁平疣大片生长的人群，不建议选择使用激光。因为激光会损害皮肤角质层形成创伤性改变，数量过多会使皮肤受损严重。大面积的扁平疣可以选择使用液氮冷冻，或者扁平疣皮下埋入术。
但是需要注意扁平疣皮下埋入术的有效率只有50%-75%，很多人需要两次或三次的皮下埋入才能起到应有的效果。不管哪一种治疗手段祛除掉扁平疣以后，都建议配合重组人干扰素α2b凝胶外用，有防止复发的作用。