喝酵素后出现屁多的现象，主要是因为酵素是一种酶，属于一种蛋白质。酵素进入胃肠道后，由于胃肠道并不能彻底消化吸收酵素，会使得剩余没有被消化吸收的酵素被肠道内的细菌重新分解，产生大量气体，如吲哚、甲基吲哚、硫化氢、二氧化碳等，造成放屁多而且臭。
因为酵素是一种酶，其化学性质很不稳定，很容易受到环境的影响而达不到效果，如胃酸就可以破坏酵素酶的活性，所以，实际上酵素的效果并不好，甚至可能没有效果，而且在服用酵素后反而会因酵素是一种蛋白而增加胃肠道的负担。