鼓膜穿孔不能用硼酸滴耳液，对于鼓膜穿孔时的患者，用硼酸滴耳液滴耳，药水进入中耳鼓室可能会刺激鼓室黏膜，引起短暂的耳部剧烈疼痛，故对耳朵的刺激性大。如患者对疼痛极度敏感，可能因耳部剧烈疼痛而难以忍受，故有鼓膜穿孔的患者，临床上一般不选择硼酸滴耳液滴耳。
硼酸滴耳剂具有抗菌和抑菌的功效，可以较好的抗金黄色葡萄球菌、乙型溶血性链球菌、曲霉菌，临床治疗外耳道炎、中耳炎、鼓膜炎，及外耳道真菌感染、外耳道湿疹等相关的疾病。