急性坏死性肠炎的治疗以非手术治疗为主，配合病因治疗及全身支持治疗，早期联合使用抗生素，纠正水电解质平衡紊乱，解除中毒症状，积极防治中毒性休克及其他并发症。
一、一般治疗
1、早期休息、禁食是一项重要的治疗措施，也是其它治疗的基础。应完全卧床休息，疑诊时即应禁食，确诊后应继续禁食。
2、腹胀者应早作胃肠减压，用鼻胃管持续抽吸排空胃内容物。通常轻症者禁食1周左右，重症者应连续禁食2～3周，同时也应禁水。直到腹痛减轻，腹部体征基本消失，呕吐停止，无便血或粪潜血转阴才可进流质饮食，然后过渡到半流质饮食及正常饮食，进食量也应逐渐增加。
3、禁食期间给予全胃肠外营养和其它静脉输液。应对患者进行严密的监护，有条件者应入住ICU病房并给予监护。
二、药物治疗
1、抗感染：控制肠道内感染可减轻临床症状及缩短病程。抗菌药物治疗主要针对革兰阴性杆菌和厌氧菌，在未有粪培养结果前一般主张两类抗菌药物联合使用。常用第3代头孢菌素、阿米卡星、庆大霉素、多黏菌素、甲硝唑、替硝唑等。常联合静脉应用第3代头孢菌素和甲硝唑。
2、肾上腺皮质激素：肾上腺皮质激素(激素)可减轻中毒症状，抑制过敏反应，提高应激能力，有利于纠正休克，但有加重肠出血和促发肠穿孔的危险。对于中毒症状重、高热及中毒性休克的患者，可短期、较大剂量、静脉给药。
3、低分子右旋糖酐、丹参注射液：应迅速补够有效循环血容量。一般除补充晶体溶液外，应适当输血浆、全血或人血白蛋白等胶体溶液。酌情选用低分子右旋糖酐、丹参注射液等以改善微循环。经上述治疗血压仍不升者适当使用血管活性药物。并密切观察血压及尿量。
4、其他药物：高热时可给予解热药或物理降温甚至亚冬眠疗法；烦躁者给予镇静药；腹痛严重者在诊断明确后可给予哌替啶；腹胀明显者可给予新斯的明；出血者可给予维生素K、卡络柳钠(安络血)等。可间歇适量给氧，纠正低氧血症。呕吐、腹胀严重时可予胃肠减压。
三、手术治疗
手术治疗可抢救部分危重患者。一般认为，出现肠穿孔；严重肠坏死，腹腔内有脓性或血性渗液；反复大量肠出血，并发出血性休克而内科治疗无效；肠梗阻、肠麻痹进行性加重；不能排除其他病因需要手术的急腹症等情况可考虑手术治疗。主要可以采用肠管未坏死及穿孔者可用普鲁卡因肠系膜封闭；肠管坏死及穿孔可做肠断切除、穿孔修补及腹腔引流术等治疗方法。