引起小儿贾第虫病的病原体是蓝氏贾第鞭毛虫，儿童因摄入被污染的饮水或食物而感染，经口传播，导致发病。
小儿贾第虫病的病因是蓝氏贾第鞭毛虫，属肠道原虫寄生虫的一种。其生活史包括滋养体和包囊两个发育阶段。滋养体呈纵切为半的倒置梨形，虫体两侧对称，背面隆起，腹面扁平，腹面前半部向内凹陷成吸盘。有4对鞭毛，活虫借助鞭毛摆动做活泼的翻滚活动。包囊呈椭圆形，囊壁较厚，囊内有2或4个核。4核包囊为成熟包囊，具有感染性。包囊在十二指肠脱囊形成2个滋养体，主要寄生在十二指肠或上端小肠，借助吸盘吸附于小肠绒毛表面，以二分裂方式繁殖。在环境不利时，滋养体分泌囊壁形成包囊随粪便排出体外。包囊对外界环境有较强的抵抗力，在冷水、温水可存活1~3个月，但加热至50℃则立即死亡，在含氯0.5%的水中可活2~3日。